1909年，李经羲出任云贵总督。由于其在云贵总督任上，大力支持兴办讲武堂，军中一大批军官均系其培养，再加上其对蔡锷也有过重要帮扶，因而在辛亥革命期间，他和他的家人得以被礼送出了云南，受到了充分的保护。之后袁世凯掌权，李经羲也得到了袁世凯的重用。
1917年黎元洪和段祺瑞之间爆发"府院之争"，黎元洪在罢免了段祺瑞的总理职务后，让李经羲出任总理一职。只不过，随着张勋率领"辫子军"进京，拥立溥仪复辟，仅仅做了一周总理的李经羲便遭到了罢免，所以他在当时也被称为是"短命总理"。之后李经羲便彻底离开了政界，选择了隐居，以写诗撰文度日。
1925年，李经羲病逝于上海，终年65岁。
