于是康熙开始了三征噶尔丹，将进入蒙古草原的准噶尔势力打回了老家。雍正继位之后，在1731年发动了和通泊之战，但是由于清军的准备不足以及由著名的大策凌敦多布统帅准噶尔军，交战下来之后，清军大败。
不服输的雍正皇帝在一年之后又发动了针对准噶尔的额尔德尼昭之战，这一次清军大胜。但是由于清政府和准噶尔的统治者都觉得再打下去并没有什么好处，就罢兵议和，和平相处了五十余年。
这个时期的西域，阿尔泰山以东归清帝国统治，以西则归准噶尔汗国统治。
时间到了乾隆十九年，准噶尔大汗噶尔丹策凌去世后，准噶尔内部的统治者为了继承人的位置发生了内讧，一个叫做阿睦尔撒纳的准噶尔贵族，带领着大量的人马脱离了准噶尔汗国。此时清政府已经处于乾隆帝的统治之下。
乾隆一见机不可失，就不顾群臣的反对，毅然决然地发动了针对准噶尔的战争。在经过精心的准备之后，清军依靠投降而来的准噶尔贵族阿睦尔撒纳，很快就打进了准噶尔的统治中枢伊犁，之后奋起直追，将准噶尔汗国的最高统治者达瓦齐在格登山生擒。
但是，投降清朝的准噶尔贵族阿睦尔撒纳不满清政府的安排，降而复叛，再一次将准噶尔带出了中原王朝的版图。
面对这样的情况，乾隆当然是毫不妥协退让，有了第一次的成功经验，小小的阿睦尔撒纳早已不是乾隆眼里的对手了。在做好准备之后，就派出了自己的得力干将一举攻进了伊犁，并且迫使当时的哈萨克汗国国王阿布赉逮捕了阿睦尔撒纳，将其处死之后交给了清政府，
自此，荼毒西域数百年的准噶尔实力彻底从历史上消失，只留下一个“准噶尔盆地”任凭后世人凭吊。
与此同时，西域地区的回族首领大小和卓趁清军剿灭准噶尔的时候，发动了叛乱，清政府经过平叛之后，消灭了这股势力，并且在当地设置了官府，留驻了大量的军队。这块地方终于真真正正地处于中原王朝统治之下，为中原王朝的版图增加了数百万平方公里的领土。
参考资料：《清史稿》等
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