看到儿子如此顽劣不堪，萧鸾虽然有心想易储，但考虑到其他儿子年纪都很小，便只能强忍着让他做下去。但为了防止自己死后有宗室作乱，所以萧鸾将齐高帝、武帝、文惠太子的子孙全部诛杀（"于是太祖、世祖及世宗诸子皆尽矣。"见《资治通鉴·卷一百四十一》），希望能永除后患。
永泰元年（498年）七月，萧鸾在临终前把太子召唤至床头，并叮嘱他道："朕已经帮你清除太祖、世祖及世宗诸子，只恐怕将来会有其他宗室、权臣作乱，你必须要加以防范，一旦察觉他们有异常举动，便即刻诛杀，切不可被人抢先。"萧宝卷听后，连连点头（"高宗临殂，以降昌事戒帝曰：'作事不可在人后。'"《资治通鉴·卷一百四十二》）。
萧鸾临死前告诫萧宝卷要敢于杀戮
同时，萧鸾考虑到儿子年纪尚幼，便在临终前任命司空徐孝嗣、始安王萧遥光、侍中萧坦之、右仆射江祏、侍中江祀（江祏之弟）、卫尉刘暄为辅政大臣，并将军政委与太尉陈显达，希望他们能同心协力、共辅幼主。从理论上来看，这一个很不错的搭配，但由于没有解决好权力分配的问题，所以在萧鸾死后没多久，他们之间便发生了内讧。
