但在蒙古贵族的想法里，南宋既然已经灭亡，实在不明白为什么皇帝仍然要这般笼络汉人（泛指前述的汉人与南人）。大多数蒙古贵族希望享有特权，并且越来越没有耐性。久而久之，便有人起来发难，皇帝如果不同意，这些人很容易找到同党，互相声援。更有人开始觊觎皇帝的位置，找人一起阴谋策划，发动政变。新皇帝取得政权之后，便开始采取对汉人的歧视做法，经过几代人的传承，歧视变得越来越严重。
元顺帝登基时，权臣伯颜强力排挤汉人，无所不用其极。比如：取消科举考试，大幅贬低读书人的地位；禁止汉人参政，禁止汉人学蒙古语，禁止汉人收藏及携带武器。蒙古人与色目人杀死汉人，只需要付轻微的罚金就可以没事；反之，如果汉人杀死蒙古人和色目人，不但要赔命，还要连累亲人。
蒙古贵族也常常强占民田，政府对南方的课税也越来越重，汉人逐渐无法忍受。伯颜专权跋扈，连元顺帝都不能忍受，伺机说服伯颜的侄儿脱脱倒戈相助，废黜了伯颜，而任用脱脱为宰相。元顺帝和脱脱两人都意识到蒙古人口太少，汉人太多，歧视汉人的潜在危险实在太大。
