既然要举大事，推举合适的领袖无疑是首要任务。由于造反谋逆乃是十恶不赦的重罪，一旦行动失败，主谋要被灭族，因此无人敢主动接任首领职务。曹珍见状，遂以谶书中有"李氏当称王于天下"为由，与众人一起扶立李轨为主公。李轨出任首领后，率众收捕虎贲郎将谢统师、郡丞韦士政等人，占领整个姑臧，随后在部众的拥戴下，自称河西大凉王。
李轨僭号称王后，立即派将领迎击秦军，并在昌松将其击溃，斩首二千级。自此，薛举畏惧李轨的强势，再不敢派军西侵。李轨击败薛举后，趁势攻陷张掖、敦煌、西平、枹罕等4郡，遂尽占河西之地。此时的李轨，控制的地区幅员千里，将士多达十余万人，是可与薛举、李渊相抗衡的关西三大势力之一。
武德元年（618年）五月，李渊废黜隋恭帝，建立唐朝，随后便与劲敌薛举兵戎相见。为了拉拢李轨以实现夹击薛举的战略意图，唐高祖派遣鸿胪少卿张俟德持节前往凉州，册拜李轨为凉王、凉州总管，并称呼他为从弟。然而，张俟德尚未抵达姑臧，李轨便已经称帝。唐高祖闻讯后大怒，由此断绝跟李轨的关系，并囚禁后者派遣的使者邓晓。
