朱棣起兵的旗号是"遵祖制"，意思就是讲建文帝是不合规矩的，按道理得是儿子即位，但是建文帝明显是差了一辈。
再说说这方孝孺，这个人在当时非常有名，是个儒学大家，备受重视。首先是他师出名门，乃是师从宋濂，可想他的地位之高。再加上当时非常受太祖朱元璋的欣赏，赞其"此庄士，当老其才"，而且还是建文帝的老师，建文帝几乎是事事都会询问他的意见，帝师之位，可见一斑。
方孝孺几乎是看重建文帝长大的，而且建文帝一向是非常的尊敬这位先生，故而二人简直是堪称君臣之典范。这也就为后来方孝孺的至死不降埋下了伏笔。
朱棣起兵成功之后，身边的谋士姚广孝就告诉他说："杀孝孺，天下读书种子绝矣！"。意思就是劝谏朱棣尽量就不要杀方孝孺，因为方孝孺在文人中是影响实在是太大了，为了天下读书人考虑一下，尽量别杀他（当然另一方面也是为了名声考虑）。
