十月间，文秀见贵州形势已经稳定，而同清军相持的明军仍据守着四川大部和湖广武冈一线，就上疏奏请永历帝移驻贵阳，这样不仅可以体现进取精神，也便于就近指挥，振作士气。昭宗也同意了这一建议，命礼部择吉日起行。十一月，李定国在进讨盘踞永昌的王自奇时，得知永历帝同意刘文秀迁都贵阳的建议后，大为不满，''驻兵永昌，上疏告病，请卸兵事''。永历帝拗不过李定国，''玺书慰劳，召回，迟延三月始赴阙''。
永历十二年(1658)正月元旦，''李定国请尽撤川楚守边各镇将回云南。遂罢幸黔之议''。这表明了刘文秀与李定国的分歧很大。从当时的形势来看，刘文秀提议迁都无疑是非常正确的，如果真的迁都贵阳，永历政权很有可能翻盘，不说推翻清朝，至少能成为南宋。可惜的是，李定国在平定孙可望叛乱以后，对抗清大局缺乏全面考虑，注意力过多地放在巩固自己在永历朝廷中的地位上面。
永历十二年(1658年)四月二十五日，刘文秀病逝。临终前，上遗表云:''虏兵日逼，国势日危，请入蜀以就十三家之兵。臣有窖金一十六万，可以充饷。臣之妻子族属皆当执鞭弭以从王事。然后出营陕、洛，庶几转败为功。此臣区区之心，死而犹视者也。"永历震悼辍朝，谥曰:忠，葬于安宁曹溪寺右山。
刘文秀善抚士卒，训诫诸将不得骚扰百姓，深得将士之心。他还非常具有战略眼光，如果其迁都之议成功，南明永历帝很有可能翻盘。可惜的是，历史没有假设。
南明永历帝朱由榔
