本身这样虽说只能算是拆了东墙补西墙，但是因为当时因为淮河中下游居民较少，所以疏散工作比较简单，所以也就理所当然的进行了下去。但是却没想到淮河中下游的泛滥有可能会将明祖陵淹没，最终只好在陵墓的东面修建堤防防患。
就这样明朝慢慢的就过去了，清军入关后他们本身是打着清君侧的名声，所以在名义上他们一直都是明皇室的臣子，这也是为什么清军入关后盗掘了大量陵墓，却唯独没有盗掘明十三陵的原因。
可不进行盗掘就已经是仁至义尽了，又怎么可能会去修缮堤防呢？就这样护卫着明祖陵的堤防被洪水淹了，明祖陵也成为了洪泽湖的水下建筑。但也正是因为这样，众多的盗墓贼开始准备盗掘明祖陵，毕竟其中丰富的冥器可以说是人尽皆知。
但事实就是因为洪水的缘故，当地有些物是人非的意思，而且当时盗墓贼也不敢明目张胆的打探消息，最终他们也是没有找到明祖陵的具体位置，甚至就连明祖陵是被水淹没的这件事也不知道。
可明祖陵其实还是重见天日了，在上世纪六十年代因为干旱的原因，洪泽湖水位下降，明祖陵慢慢的显露在了世人的眼前。就这样这座明朝皇室的祖坟很幸运的躲过了多次战乱，在和平年代展露出了他的真容。
