而当时把控朝政的是一代奸臣严嵩，是徐渭写《四声猿》"弥衡击鼓骂曹"来暗讽的那位，然而党派之争自古以来不绝如缕，韬光养晦的徐阶暗地筹谋，干掉了这个奸臣，而后者刚好非常赏识张居正。亲眼接触明争暗斗的张居正，了解了许多处世方针，也得到了很多宝贵经验，这也为他后来的首辅生涯打下了基础，使得一辈子鲜少受到打击的他变得成熟稳重。
1572年，明穆宗驾崩，死前拉着张居正、高拱和高仪三人托孤，希望他们能好好辅佐年仅十岁的朱翊钧。然而高拱口无遮拦，在皇帝去世后竟然大声叫嚷"十岁太子如何治天下"，此举惹得万历皇帝朱翊钧的生母实在很生气，高拱就被贬回原籍了，而张居正由此正式担任首辅。
万历皇帝非常信任他，然而登基不久后，便向张居正发出了灵魂质问。据《明实录》记载，他问张居正:"当初建文帝逃跑了，这是真的吗?"这句话看起来简单，但事实上却很复杂，因为一不小心就涉及到"正统"与"篡位"，尤其是会干系到前代皇帝，约等于直接问他是不是先祖杀了建文帝了。
正如李世民对李建成讳莫如深一样，明成祖朱棣对建文帝朱允炆的存在也很芥蒂，因为他是从外面杀进都城的，硬生生地由一位王爷变成了皇帝。史书上记录建文帝是放火自焚而死，但是究竟他有没有在这一场火灾中死去，我们不知道，就连朱棣就很有可能不知道。不然他怎么会时常派人外出寻找他的下落呢!
