司马德文早知道会有这一天，与其皇帝当得战战兢兢，不如早下台心里轻松。所以，他不免长舒一口气，很高兴地配合刘裕的表演。还在公众场合声称当初桓玄篡位时，晋国就已经灭亡了。之所以能多延续20年，全赖刘裕的功劳。所以他禅让是完全心甘情愿的。
刘裕和平取代东晋后，建立了刘宋王朝，并将司马德文封为零陵王，让他在封地中在正朔、服饰和车驾上都依旧享受晋朝的规制。
然而，刘裕毕竟是布衣出身，由于对出身的不自信，也担心他死后，司马王朝又东山再起。所以他视温顺恭敬的司马德文为眼中钉肉中刺，不仅安插了眼线盯着司马德文的一举一动，司马德文和褚皇后生的儿子也被他扼杀在襁褓中。
司马德文知道刘裕为人凶狠，担心小命不明不白就交待在他手中了，所以一切饮食，都让褚皇后亲自打理。并时时和褚皇后呆在一起，不给刘裕害他的机会。
