就这样，官军越打越少，义军越打越多，可是由于战斗力的差异，左良玉仍然胜多败少。崇祯8年，李自成，张献忠，高迎祥意图合兵一处，左良玉率兵在灵宝阻击却抵挡不住对方攻势如潮，结果陕州丢失。接着起义军开始进攻洛阳，左良玉整军之后又再度追了上去，终于在第2年2月将农民军击败。
到了崇祯9年，在所有围剿农民军的官军当中，左良玉的明军实力已经变成最强的，慢慢的也成为了朝廷最重要的臂膀。
此时他开始拥兵自重，崇祯10年正月，一部分农民军遭到击溃逃进深山，而当时应天巡抚张国维发布公文，要求左良玉率军进行围剿，可惜这个骄兵悍将已经不太听指挥。他不打农民军，反而纵容手下在当地烧杀掳掠，直到东厂太监亲自前来要求左良玉立即动身他才勉为其难的率兵北去。
崇祯11年左良玉来到了军事生涯小高潮，军队鬼使神差撞见了张献忠的主力部队，两个人面对面的血拼了一把，左良玉射中了张献忠的肩膀，差点把他当场射死。到了崇祯15年，李自成率领大军亲自会战左良玉，双方在朱仙镇大战。结果这位明军悍将大败而回，此时他已经拥兵20万。
