虽然朱棣篡夺了朱允炆的皇位，但朱允炆毕竟是朱元璋指定的皇位继承人，名正言顺，又当了四年的皇帝，在朝中以及民间百姓心目中还是具有一定的影响力。尤其是作为都城的南京当地百姓，对于攻破家园城池篡位夺权的朱棣必然是心有怨恨和不满的。朱棣生活在这样一座对他"敌意"浓郁的都城里，怎么可能会自在？况且当时不乏自诩正统、支持建文帝的势力存在，对于朱棣来说也是一个隐患，睡觉都不踏实。
朱棣虽然在南京成功登基，但他夺位手段并不光彩，并没有完全得到满朝文武的认可。尤其是朝中建文旧臣需要清理，新的朝臣需要选拔，可以说任重道远。官员的大批量更换，必然会使得朝局混乱动荡。"内忧外患"之下，朱棣对于南京几乎没有安全感。第二、稳固自身权力，利益最大化。
这一点恐怕是朱棣迁都北平最大的原因。北平是朱棣的封地，是其"发家之源"、"龙兴之地"，也是他势力的老巢大本营。尤其是在经历了靖难之役后，北平城可谓成功通过战争的考验和忠诚考验，在朱棣心目中的地位远超其他城市。都城是国家的政治权力中心，迁都北平相当于是将中心从南方转移到北方，可以提升北方亲信的政治地位，打压削弱南方反对朱棣的政治势力。
