随着崇祯皇帝的殉国以及他两个儿子的下落不明，正统的明朝皇室宣告灭亡，但在同年南明朝廷就建立了起来，而且临时国都正好是南京。这下就到了主题，南明朝廷明明有完整的领导班子和半壁江山，怎么就那么乱呢？
这个其实还得提到前面说的东林党，当时崇祯死后，最有权力继承的是万历皇帝的儿子福王，但东林党一派却死活不同意，因为这个福王是当年"国本之争"的失败者，如果立他岂不是打了众人的脸，因此他们主张立桂王。但福王毕竟是最正统的，结果还是在一干人等的拥立下继位，史称弘光帝。
但弘光帝是被武将拥立的，因此与文臣不和，所以这个政权从建立开始就有问题。果不其然，随着满清大军南下，东林党果然没有任何抵抗的就开城投降，而弘光帝则在出逃的路上被抓，弘光朝灭亡。
弘光死后，南明又先后出现了隆武帝和绍武帝，但这二人不但没有趁着清朝陷入剃发令的泥泞中主动出击，反而互相攻伐指责对方，因此被满清回过身来全部消灭。这二人死后之前的桂王被迫上位，是为永历帝，永历帝本来是有希望的，但还是那句话，东林党误国。
