1937年，陆元九刚刚报名参加高考，就传来了日寇入侵宛平城，北平爆发“七七”事变的消息。8月份他赴上海参加完高考没几天，又发生了“八一三”事变，日军的飞机在上海狂轰乱炸，还多次进犯南京、镇江等地，所过之处，生灵涂炭，遍地残垣。
抗战全面爆发，西迁的中央大学（今南京大学的前身）发来了录取通知书，他在烽火硝烟中动身，跟随撤向大后方的难民潮，经由武汉、宜昌一路辗转赴重庆报到。
听说学校新设“航空系”，一路上目睹日军飞机残暴的他果断选择了其中的航空发动机专业。
陆院士晚年回忆，对当时的同学们来说，航空报国的重要性哪儿还需要教？大家每天都是“一边躲飞机，一边学飞机”，平时在临时搭建的平房里上课，日本飞机来轰炸，就躲进防空洞继续学习。作为中国首批航空技术专业的大学生，他在发动机专业的必修课之外，自学了空气动力学、飞机结构设计等课程，为日后打下了坚实的基础。
陆元九在中央大学（今南京大学）的毕业照 （后排左一）
陆元九考取了公费留学生后，于1945年前往美国麻省理工学院，师从 “惯性导航之父”查尔斯·德雷伯，成为其门下第一位博士生，在这个新兴领域中探索学习。
所谓惯性导航，简单来说就是舰船、飞机、火箭等通过仪器设备感知速度、高度、方向等参数，自主导航奔向目标。在第二次世界大战末期，惯性导航技术已经伴随着地对地导弹的出现开始了早期应用，在军事、航空航天领域的价值不言而喻，相关研究自然被美国军方“重点关照”。
“我是中国人，自然要回去给中国做事”
陆元九聪明刻苦，再加上他扎实的功底，成绩突出，在老师的指导下开展了大量工作，成果丰硕，1949年成为世界上第一位惯性导航领域的博士。时年29岁的他被麻省理工学院聘为副研究员、研究工程师。
上世纪50年代初 陆元九与家人朋友在美国的留影
原本，陆元九可以在导师的科研小组中继续从事研究工作，在无数人羡慕的环境里继续安静的生活，但是内心中他和妻子无时无刻不想念太平洋彼岸的祖国。
为了减少回国的阻力，他反复拒绝入籍，又转到密级没那么高的土木工程系，最后干脆离开麻省理工加入福特汽车公司，专心于民用技术研究。
