失去了毛文龙，使得明朝在明金之间的斗争中，失去了重要的一环。这也便成了众人对袁崇焕口诛笔伐的原因之一。那么毛文龙为何会让袁崇焕对其有了杀心呢？
毛文龙虽然军事卓越，但是此人问题同样颇多，妄报捷战，杀民献俘，急于邀功，又跟后金有私底下的贸易。这样种种迹象表明毛文龙这个人是一个两面三刀，虚伪自私的人物。从政治上也可以看出，他一边做着明朝的官，又占着朝鲜人的便宜，又跟后金有利益往来。你说不杀他杀谁？而且即使后来崇祯以这条罪状杀袁崇焕，但是却并未给毛文龙平反，可想而知，崇祯也觉得杀得对。
争议之二市米资敌
关于袁崇焕的第二个争议便是：袁崇焕是否市米资敌？有人说袁崇焕市米资敌的对象是蒙古部喀喇沁，另外一种说法是袁崇焕其实是资后金，因为喀喇沁最后是投奔了后金的。如果真要说是袁崇焕将交易所得大米资助给了后金，还不如说是明朝对蒙古各部的影响力下降，袁崇焕自身是不背这黑锅的。
