然而这样的官员比例完全不合理，到了顺治帝时期，弊端就显现了出来，满人长期的优待政策，导致军营的纪率涣散，战斗力急剧下降，于是不得不启用绿营兵，到了晚清时期，北洋新军和曾国藩的湘军迅速崛起。
然而好的军队也经不起统治者的软弱，1912年2月12日，裕隆太后和袁世凯的谈判有了结果，在接受了各项优待条件后，退位诏书发布，两百多年的大清王朝宣告覆灭，而此时的满清编制内军队，面临着两个去向。
一个是重新整改，纳入民国政府的军队，另一个，则是离开编制，回到故乡去自由发展，当然也有一支军队，选择了另一种发展方向。大部分的清朝军队选择了纳入新编，1916年6月袁世凯病逝，原先清朝军队留下的精良部队迅速分化为三大派系，成了三大军阀。
