《万历十五年》中，除了描写万历皇帝，张居正和申时行，为读者们解开万历皇帝几十年不上朝的谜团，其中还写了海瑞，戚继光。在讲戚继光一回中，《万历十五年》点明了明朝时，东南沿海倭寇泛滥的原因：
海盗自古有之，即使现在社会，也还有索马里海盗，而明朝时的倭寇，为何不曾为海盗呢？原因是倭寇和海盗有很大的区别，首先海盗是乌合之众，他们聚集在一起，目的只有一个，那就是抢劫财物，一旦目的达到，海盗就会散去，而倭寇不同，倭寇还会登陆，登陆之后他们会建立根据地，甚至还会围攻沿海附近的城池。
倭寇入侵有一个主要原因，就是贸易，明朝虽然是明文规定禁止民间海运经商的，但是到了后期，这只是一纸条文，东南沿海的走私贸易，一直就偷偷存在。这就导致不同国家的冒险家纷纷而来，久而久之，就形成了为此海上贸易的霸权--海盗。
而日本来的倭寇，他们相比于海盗，有两大优势，一种是战术上的优势，他们有统一的领导，是职业化的武士，相互呼应，协同作战。
