明洪武年间，朱元璋特地在玄武湖修建了一个场所，并把当地用来存放明王朝全国的人口与田亩档案资料。当时这些资料被叫做"黄册"。公元1381年，明太祖推行了黄册制度，全国各地每隔10年编造赋役档案，3套青色的资料分别交给布政司、府州、县保存，1套黄册交给户部保存。到了明末，黄册达到了179万多册，其中还包括绘制了全国土地的鱼鳞图册。
这些档案都是关乎到明王朝统治的机密数据，所以就要找个安全的地方来进行妥善管理，因此玄武湖区域就成了最佳的保存地方。玄武湖地方有2个非常大的优势。首先，这些青册、黄册都是纸质档案。这类资料害怕火，只要遇到大火一不留神就化为灰烬了。而朱元璋所挑选的玄武湖蓬莱岛四周环水，这样的环境不容易遇到火灾，就算出现了火灾也可以就近用水来迅速灭火。
再者，明初的都城就在南京，玄武湖距离皇城非常近。朱元璋可以派重兵镇守，这样便于他来管理这些档案。再也没有什么地方比在皇帝眼皮子底下安全了。玄武湖存放的黄册资料属于国家机密，因此不准外人进入没有毛病。而这个地方又不容易发生火灾，同时还处于朱元璋的眼皮子监视之下，所以这些档案放在玄武湖保存再合理不过了。
