但是另朝廷没有想到的是，他们忘记了黄巢和其他的起义军首领。朝廷错误的估计起义军只有一位首领，却没有想到起义军中有着众多的小头目，手底下各有忠于自己的小喽啰，他们聚在一起是因为共同的利益。所以黄巢怒了，他直接殴打了王仙芝，骂王仙芝只考虑自己，不顾五千个弟兄死活，群情激昂，王仙芝被迫放弃了这个官职，继续造反。只是从此以后，王仙芝和黄巢开始分离，一般情况下各干各的。
第二年，也就是877年开始，朝廷针对起义军制定了比较宽容的投诚条件，而且王仙芝不断表达自己想要投降的意思，只是宋威一直隐瞒不报。这一年的年底，因为当时朝廷已经把起义军中的许多小头目都归于大赦的行列，于是王仙芝让尚君长等头目去长安与朝廷谈投降事宜，但是宋威却在半路上把他们全部劫持并杀害，告诉朝廷这些人都是他在作战中俘虏的。这激起了王仙芝更激烈的反抗，但是很快王仙芝就被杀死。这支义军分崩离析，尚君长的弟弟尚让带着部分人投向了黄巢，这之后，黄巢成为唯一的领袖。
但是，黄巢从这之后在一段时间内组织的进攻都以失败告终，于是他决定投降，他通过天平节度使向朝廷谈投降事宜，朝廷很快同意让黄巢做禁军的右卫将军，但是令人意想不到的是，黄巢又突然决定不去投降了（很可能是想到了尚君长等人的被杀），继续他的造反事业。只是中原越来越容不下他，于是他决定南下，一直到远离朝廷的长江三角洲去开辟新战场。
879年，在黄巢兵临广州的时候，他再次想到了投降，他让越州观察使崔璆联系岭南东道节度使李迢，上书让他做天平节度使，但是唐懿宗的宰相们和宦官们拒绝了黄巢，连同要不要给个正员将军的官职也没有达成一致意见。接着黄巢又要求做广州节度使，又被拒绝了。最后朝廷决定让黄巢做率府率，这次换黄巢拒绝了，并在一天之内攻下了广州。黄巢本来想以广州为据点，但是很多人感染疫病，这让起义军很恐慌。不久，黄巢决定北上，朝廷派高骈抵抗起义军。
880年，黄巢在北归受阻的情况下又向高骈提出投降，条件是让他做节度使，只是这一次黄巢并不是真想投降，他已经对朝廷失去了信任，高骈自然非常欢迎黄巢投降，很快就给朝廷上表要求让增援的诸道兵返回。等他们都撤的差不多了，黄巢变卦了，趁唐军不注意，继续顽强抵抗，这一年的年底，唐僖宗逃亡四川，黄巢占领了长安。
