其次是建立系统的政务机构。起兵前期，义军的主要任务为军事作战，因此，虽然挂名中书省，但义军俨然还是军事集团而无完全独立的政务机构。
在完成从军事集团到邦国的改造后，朱元璋开始着手处置自己名义上的君主-小明王。1366年，朱元璋邀小明王入应天府，途径瓜洲时，小明王沉江而亡，朱元璋扫清了自己建元开国的法理障碍。
此后，随着1367年对张士诚政权的军事全胜，坐拥江南半壁的朱元璋在向帝王跨越的这一步上，再无任何羁绊。1368年正月，朱元璋于南京称帝，建立明朝，用16年时间实现了从流浪汉到一代雄主的华丽转身。
