隋炀帝连年征战，且越来越骄奢无道，性格耿直的萧瑀实在看不下去了，苦口婆心进行劝谏，希望皇帝及时醒悟。隋炀帝气愤不已，幸好有姐姐萧皇后照着，否则以隋炀帝的脾气，萧瑀就算有十个脑袋也保不住。李渊称帝后，给萧瑀写了一封亲笔信："瑀弟胸怀万机，才智过人，请速来京师，共辅社稷。"
为何李渊称他为"瑀弟"呢？要知道，李渊已是大唐皇帝，身份何等尊贵，绝不会轻易跟别人称兄道弟。原来，萧瑀的妻子是李渊的表妹，按照这层关系，李渊喊他弟弟一点问题都没有，李世民得叫萧瑀一声姑父。隋朝已亡，既然表哥李渊诚心邀请，萧瑀没有理由端着架子，居家迁到长安城。
另外，他给李渊献上一份厚礼，将手中的兵马全部交由李世民接管，因此直接被封为户部尚书，李渊在位期间，萧瑀的职位基本未变动过，直爽的性格也没有改变。等到唐太宗登基，把姑父萧瑀提拔为尚书左仆射，跟陈叔达的地位等同。
二人能力相当，且都是刚正不阿之人，一旦对于某事观点不一致，就会不分场合争论，谁也说服不了彼此。有一次上早朝，萧瑀和陈叔达又开始互怼，根本停不下来，唐太宗出言相劝都没用，感觉他俩不把自己放在眼里，当场拟一道圣旨："萧瑀、陈叔达身居相位，然言语失态，皆有对皇上不恭之罪，一并罢免所有官职，回家闭门思过。"
