有清一代，清朝共设置了九位总督，即直隶总督、两江总督、两广总督、湖广总督、闽浙总督、陕甘总督、四川总督、云贵总督和东三省总督。此外，还有漕运总督以及河道总督。
与明朝的总督相比，清朝总督已蜕变为一类地方官职，不再具备中央派出的钦差性质，更无法代表皇权行事，其权力大为缩水。
而且，清朝总督并不能彻底节制作为一省之长的巡抚。因为从本质上看，总督的管辖权很多侧重于军务，而对于民政、财政、司法诸项权力，其权力未必能延伸至辖下各省。尤其面对一些具体情况，巡抚并不一定要弱于总督，比如江苏巡抚在江苏的影响力，就要高于两江总督，这导致两江总督在江苏很掣肘。
更何况，由于清廷惧怕地方权力过大，所以便大量授予地方官专折奏事的权力，令其互相参劾，以便皇权控制。到乾隆年间，不仅总督有此权力，巡抚和布政使都有此项权力，所以总督的权威被大大削弱，与明朝总督更是无法同日而语了。
