但是慈禧这个铁娘子强势惯了，根本容不得别人挑战自己的权威，就把珍妃当作敌我矛盾，必欲除之而后快，可是一直苦于没有机会。
1900年义和团攻击洋人，慈禧向列强宣战，八国联军入侵中国，在光绪二十六年（1900年）7月20日，兵临北京城下。
慈禧在化装出逃的时候，想起了正在软禁中的眼中钉珍妃。
接着慈禧以带走不便、留下（"珍妃年轻貌美，必遭洋人侮辱，愧对列祖列宗"）也不合适为借口，命太监将珍妃推入井中。
可怜珍妃年仅二十五岁，正是如花的年纪，却成了井下之鬼，死不瞑目。据史料记载，当时奉命害死珍妃的，是慈禧的领班太监崔玉贵。
