事情也因此出现了反复。郑芝龙降清后不久就去世了，施琅等人划归同样降清的李成栋管理。后来李成栋不满于清朝授予的官职低，还处处受到限制，从而决定反清，再次加入复明大军。
此时，施琅却遭到李成栋的暗算，几经波折，最后投靠了郑成功。两人的父辈就是至交好友，加上施琅颇有才能，郑成功起初也就非常信任他。施琅就此成为郑成功麾下最得力的左膀右臂，即使是机密要事，郑成功也丝毫不避讳施琅，甚至还多次询问其看法和建议。
再度降清
可惜好景不长，再合拍的人，也有意见相左的时候。施琅为人比较耿直，几次三番地公然反对郑成功的主张，引起郑成功极大的不满。施琅的兵权被收回，一向受到施琅压制的曾德见施琅失势，自认为是天赐良机，前去讨好郑成功。
施琅得知此事后，怒而杀了曾德，对郑成功勒令不要杀曾德的命令视而不见。郑成功对此大为震怒，认定施琅已有反意，欲准备将其缉拿但被施琅逃脱。施琅虽然逃脱了，但是其父和其弟都因此被郑成功处斩。施琅与郑成功结下死仇，施琅无处可去，只好再次投靠清朝。
