李渊称帝后，拜裴寂为右仆射，成为宰相。李渊每次上朝，必请裴寂同坐，对他言听计从，每日赐给他御膳，裴寂的地位满朝文武无人能及。武德四年，麟州刺史韦云起告发裴寂意图谋反。唐高祖将裴寂交给有司调查，但审案官员最终也没有给裴寂定罪，没过几日便将他无罪释放。
裴寂出狱后，李渊抚慰他说："朕能取得天下，本就是你促成的，你又岂会怀有贰心。朕之所以将你交付吏议，是想让天下之人相信你不会谋反。"当天，李渊命三位贵妃携带美食宝器到裴寂家中饮宴，至次日方回，以示恩宠，裴寂也来者不拒，统统笑纳。
李世民即位后，裴寂的食邑被加至一千五百户。贞观三年，僧人法雅因妖言获罪，裴寂受到牵连。唐太宗免去裴寂的官职，削去他一半的食邑，让他返回故里。时有狂人信常对裴寂的家童说："裴公有天分！"裴寂知道后，很害怕不敢上奏朝廷，偷偷要处死家童，结果家童向朝廷告密，李世民大怒，将裴寂流放静州。
