据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，朱允炆继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起"靖难之役"。不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，朱允炆求和不允，只好死守。但是，他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。朱允炆眼看大势已去，下令焚宫，顿时火光熊熊，朱允炆携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允炆下落。宫内侍人都说朱允炆已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子"礼葬建文皇帝"。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
遁入道门：
据有学者考证，朱允炆晚年化名詹碧云，隐踪在江西上饶玉山三清山，任三清宫住持道士。在三清福地借修建道教宫观为掩护，巧妙修筑了"明治山詹碧云藏竹之所"的陵墓和其他相关石雕、楹联、三清山石刻二百六十余处，留下了"风流建水翁承赞，樽酒论文千载同"、"方豪上"、"都俞脱生"、"壶市安井"等，一系列可供考研的石刻隐逸文化密码。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对朱允炆自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他，那具烧焦的尸体是马皇后的，朱允炆削发为僧外逃了。他就把朱允炆的主录僧溥洽抓了起来，关进监狱长达十余年，逼他供出朱允炆下落。并派郑和下西洋"欲寻踪迹"，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达十六年，搜寻朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。胡濙访得朱允炆离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。
近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年（公元1423年），朱允炆死于江苏吴县穹窿山，终年四步六岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
