在今后的日子里他对魏忠贤恭敬有加，让魏忠贤放下戒备，同时不断削弱阉党实力，任用自己亲自提拔的官员以谋求对阉党的抗衡。
崇祯的努力终有回报，忍辱负重的崇祯帝，日日面对着不可一世的魏忠贤那张奸佞的嘴脸，明修栈道，暗渡陈仓。终于在天启七年十一月的初五，结果了这位万人唾骂的奸臣，真正属于崇祯的时代开幕了。
魏忠贤自缢后，阉党遭到了崇祯皇帝的清算，在政令开明的崇祯皇帝的整治下，为害大明长达数十年的阉党土崩瓦解，朝廷政治逐渐回归正轨。
遭人诟病的是，崇祯皇帝在灭亡阉党后，并没有控制住明末官吏的结党营私，文官集团日益扩大。面对这些，多疑崇祯仅仅采用不断换政治一把手（内阁首辅）这种消极的办法来遏制文官集团的膨胀，但是这微小的手段无法撼动根深蒂固的官僚制度，一切显得那么无济于事。如果换做是洪武皇帝，老祖宗朱元璋处理的话，是根本不会让朝廷之中有一家独大的情况出现的，这也许就是崇祯皇帝政治方面的缺陷吧。
