之后，对朱宸濠的包庇毫无办法的孙燧不得不秘密上书朝廷。几天之内就上书七次，将朱宸濠勾结流寇意欲谋反之事详细说明。然而，孙燧的上书并没有被皇帝看到，半路中就被朱宸濠的党羽们拦截下来。此时，孙燧的所作所为让朱宸濠震怒，朱宸濠开始处心积虑的算计孙燧，欲置孙燧与死地。
朱宸濠买通了朝中权臣，想要将孙燧调走，还差人给孙燧带去枣、梨、姜、芥四物，暗中威胁孙燧"早离疆界"。但是，孙燧对于朱宸濠的这些举动不为所动。
次年，朱宸濠大摆寿宴，并在宴席上埋伏了大量的精兵强将准备造反。席间，本欲反叛的朱宸濠便声称自己收到了太后的旨意，自己才是真龙天子，要起兵造反。孙燧闻言，当众揭穿了朱宸濠的谎言，于是，朱宸濠狂怒，入内殿换上戎装，叫手下缚住孙燧，并折断其右臂。
此时，许逵挺身说："汝曹安得辱天子大臣！"也被抓。两人骂不绝口，双双被害于惠民门外，孙燧是年60岁。虽然，朱宸濠虽然拥兵十万，并且准备充足，但是，仍然不是明朝廷的对手，最终被镇压。而被捕的朱宸濠，自然不会有什么好下场。
宁王叛乱是统治阶级内部所进行的一场皇权争夺战，它对明朝的政局产生了较大的影响。并且，叛乱给江南尤其是南昌人民带来了深重的灾难，造成了社会的混乱，也导致了明武宗统治的结束。宁王叛乱虽然仅43天就宣告失败，然而，朱宸濠在江西的聚敛刻薄及其叛乱的直接破坏，使江西人民深受其害。
正如王守仁在杭州向提督军务太监张永所陈述的江西兵乱后的困敝："江西之民，久遭濠毒，今经大乱，继以旱灾，又供京边军饷，困苦既极，必逃聚山谷为乱... ..."
