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婚后不久，玛丽就发现达恩利其实是个小人，他自私、极度渴望权力，他要求获得与"国王"头衔相匹配的权力，整日酗酒，当众侮辱女王。于是，玛丽把她赐予达恩利的特权一项项收了回去。达恩利的头衔也从"国王"降为"女王的丈夫"。
1566年3月9日傍晚，达恩利带兵闯入玛丽的私人宴会厅。混乱中李乔被杀害，怀孕的玛丽女王被软禁。为了保住王位不被苏格兰贵族夺取，玛丽以分享政权为借口，让达恩利帮助她逃到博斯韦尔伯爵处。3月17日，玛丽在博斯韦尔伯爵的帮助下，重新回到爱丁堡，稳定了局面。
1566年6月19日，玛丽顺利产下一子，取名为詹姆斯·斯图亚特。在生下小王子不久后，玛丽就与大臣讨论离婚的可能性。但是由于玛丽是天主教徒，离婚的话，小王子就会被判定是私生子，无法继承王位。为了不影响孩子的将来，女王只能放弃离婚的打算。
