不过好在太平军内部也发生了十分严重的问题，洪秀全，杨秀清等人自相残杀自断羽翼。湘军也从这之后的战斗里面慢慢的取回了优势，加上左宗棠、李鸿章的人组织的地方武装也迅速崛起，因此三路大军围攻太平军。最后扭转了局势，保住了清朝政府。
然而即使是获得功劳，曾国藩也不得不担心自己这样的动作会引起皇帝的猜忌以及慈禧太后的提防。深得做官之道的曾国藩处理这一问题的时候十分小心，因此他在攻下天京之后，立即把湘军裁撤。仅留下了一小部分镇守在江南地带，其他的全部都回到了自己的家乡湖南。在此之后湘军一直统治江南地区四十多年，虽然比不上淮军和其他军队的阵容发展，但好歹也是保存下来。而在甲午战争以后全力参战淮军军全军覆灭，从此离开了历史的舞台。正如湘军一样，也随着历史的推进，逐渐裁撤，最终消失在历史之中。
