在清朝官方的保护下，明孝陵基本得以维持明朝时的原状。甚至在太平军被剿灭后，还有清政府拨专款修复因战乱遭到破坏的明孝陵的记录。
接下去的南京城和明孝陵，在革命党、北洋军阀、国民政府、侵华日军、汪伪政权间几易其手。
革命党成立南京临时政府后，孙中山、黄兴立即组织对明孝陵进行祭拜，向国内外宣示"驱逐鞑虏、恢复中华"的成功。
随后的军阀混战、日军侵华，明孝陵地表建筑遭到了不同程度的破坏，但地底下的部分奇迹般地得以幸存。
新中国成立后，明孝陵迎来了十分稳定的局势环境。经过政府几十年来不间断的修复，目前的明孝陵已经大体恢复了600年前初建时的风貌，成为南京著名的旅游景点。
