而元朝因不合理制度导致的第一次变数，就是忽必烈和阿里不哥的五年内战。
蒙哥死于钓鱼城下后，蒙古汗位空缺，于是正在攻宋的忽必烈匆忙北返，并在开平宣布继承大汗之位，这就和和林经过忽里台大会推举的阿里不哥产生了激烈冲突，于是最终兄弟二人选择刀兵相见的方式一决胜负，而四大汗国也纷纷选边站。除伊儿汗国支持忽必烈，其它三国则支持阿里不哥。
等到忽必烈倚靠汉人力量击败阿里不哥，四大汗国也彻底和中央汗国分裂，元朝建立后更是分道扬镳，所以蒙哥是蒙古的最后一任大汗，而忽必烈则开启了蒙古分裂的进程。
当然，重用汉人的忽必烈也体会到了巨大的优势，那就是收伏了越来越多的南宋降将为自己所用，尤其是受贾似道排挤的刘整投降忽必烈后，战局在短期内迅速逆转。因为刘整不仅为蒙古带来了强大的水军，更指出了"欲灭南宋，必取襄樊"的计策，于是忽必烈最终找到了消灭南宋的密码。
