于是便开始组织大规模的清军去镇压，但是在阎应元的组织抵抗下，清军却始终无法破城，亲王多铎闻知江阴久攻不下，极为震怒，他先派恭顺王孔有德"率所部兵协攻"，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。
博洛也不迟疑，平定松江后，立即统率二十万大军来到江阴城下，加上之前在此的清兵，足足24万人，在此情况之下，清军认为江阴百姓已经没有抵抗的心思了，便数次劝降，但均失败。
无奈之下，清军只好硬攻，但谁也没想到，在清军200余门重炮的打击下，阎应元带领的江阴百姓愣是坚守了81天，这期间还斩杀了大清的3位王和18位将领，杀死清军75000人，由剃头令引发的这次抗争，清廷着实付出了惨重的代价。
不过最终江阴还是被清军攻破了，城破之日阎应元自杀未遂，被清军俘虏，但他坚决不向清廷的贝勒下跪，被刺穿胫骨之后，依然骂声不断，最终英勇就义。
