他在奏折中说："今日之事，而北来奏章有周公辅成王之语，不若罢兵息战，许其入朝……"意思是燕王不是说自己效仿周公辅成王吗，那陛下不如准许他的建议，让他进京来辅佐您，这样就能平息战争了。他甚至还说，关键时刻就算让出皇位都可以。
可见这个尹昌隆虽然有些学识，但目光还是短浅了些。都知道朱棣醉翁之意不在酒，如果真的放他进京，他还会放过朱允炆吗？而朱允炆如果真的答应此事，那不等于是引狼入室吗？
当时上级官员收到这份奏折，知道此事肯定行不通，说不定还会引发皇帝大怒，于是就扣留了下来，没有呈上去。后来朱棣就顺利进入南京，并且开始清算建文旧臣。他写了一张"奸臣"的名单，很不巧，尹昌隆的名字也在其中。
