据《晋书》记载："宋永初二年九月丁丑，裕使后兄叔度请后，有间，兵人逾垣而入，弑帝于内房。"据说，刘裕先是派琅琊侍中张伟赐毒酒于晋恭帝，但张伟在途中不忍将故主伤害，便自己饮下毒酒。愤怒的刘裕派出亲兵前去赐酒，但信佛的晋恭帝认为如果自杀，便无法转世投胎，于是亲兵们便将他蒙在被子中捂死。
杀掉晋恭帝后，刘裕仍不放心，便将整个晋朝皇室全部屠戮，司马懿的后人中，凡是逃到了长江以南的，几乎都在这次清洗中丧命。刘裕明明已经登上帝位，却还是将司马家灭族，笔者认为，最大的原因便在于他根基不稳。
刘裕出身贫寒，全靠自己的战绩才得以坐上皇位，这就表示，与受世家大族们支持的晋朝皇室相比，他全是孤家寡人。在刘裕的时代，朝政受豪族的影响非常之大，大家族的支持甚至能影响国政和国力兴衰，所以，没有任何支持的刘裕尽管当了皇帝，却还是只能靠枪杆子来维系统治。
倘若有一天，和东晋皇室关系密切的那些大族联合起来，拥立皇族的后裔为帝，刘裕及其后代的统治无疑会遭受很大的挑战。刘裕肃清司马家，便是让大家族们找不到借口拥立傀儡，从而无法煽动民间的情绪，对刘宋政权的地位进行挑战。此外，刘裕提拔寒门子弟，也是为了削弱门阀在朝中的话语权。
刘裕灭亡前朝宗族，最大的目的当然是为了巩固统治，但还有一种说法是，刘裕身为汉室宗亲，对灭亡了名义上汉室最后政权蜀汉的司马家怀有仇恨情绪，所以痛下杀手。此外，残酷无情的屠戮也能够起到立威的效果，这对初登帝位的刘裕是非常有用的。
