于是，明熹宗朱由校出于外患的压力，又有同僚一致举荐，才勉强同意了让徐光启练兵。书生带兵在明朝从来都不是什么稀罕事儿，所以，徐光启训练军队也没有什么不妥。但是，他练兵的过程却遭受了重重阻力。
首先，是他自身的问题，徐光启虽然是朝廷命官，却是个有名无权的官员。向朝廷要兵要粮，人家什么都不给。还有朝中官员的问题，他们本就不同意徐光启练兵，自然想着法儿地为难他。如果说，这些徐光启都可以容忍的话，那么，最令他不能容忍的就是魏忠贤了。
徐光启特别注重武器制造，尤其是火炮的制造，他对火器在实践中的运用，对火器与城市防御，火器与攻城，火器与步、骑兵种的配合等各个方面部有所探求。徐光启可以称得上是中国军事技术史上提出火炮在战争中应用理论的第一个人。
徐光启知道火器的威力，所以，想要用火器来武装明军。朝廷什么都不给，他就自己想办法去澳门弄。徐光启一心都在造火器上，哪有心思去巴结魏忠贤九千岁？最终，魏忠贤指使御史弹劾徐光启，徐光启一怒之下辞官还乡，做起了农学家。
