第二次战事，杨应琚上任时缅兵南撤，杨应琚乘机派兵攻入缅甸，占据缅属的两个土司地盘，由于缅兵一路坚壁清野，清兵后勤不继，杨应琚任命一些当他掸族人治理这些地方，留下800清兵驻防后大军撤回。这种表面的胜利使云南官府主战呼声高涨，不久杨应琚发布檄文称："发兵五十万，大炮千樽"开始大规模进攻缅甸，乾隆此时不想对缅甸用兵，但架不住杨应琚的坚持，只好同意。
1766年中，有部分缅甸土司被吓住，投降清朝，九月，杨应琚调集14000清兵准备向缅甸进攻，缅甸主力此时正在暹罗作战，留守阿瓦（今曼德勒）的缅王辛标信纠合留守部队与土司部队三万人沿伊洛瓦底江溯江而上扺御清兵，中缅边境重镇新街扼水陆要冲，清兵从此地顺江而下，四、五日即可抵达缅甸首都阿瓦，清兵有五百余人在此守卫，眼见数千缅军直扑新街，杨应琚却只派出了四百多人的援军，这千多清军在新街坚持了两天一夜，终于挡不住数千缅兵的围攻，几乎被全歼，新街失守。
在新街缅军分为两路，一路6000人向东北攻击清朝铁壁关，另一路2000人继续沿伊洛瓦底江北上到戛鸠后向东进入中国再向南包抄铁壁关后路，经过十多天的战斗，缅军攻入铁壁关，清军退守陇川，缅军追到陇川，清军战败溃逃，杨应琚被打怕，提出议和，将新街让给缅军，缅军撤军。
此战清军损失近3000人，缅军损失很少。这两股攻入中国的缅兵不过8000人，杨应琚给乾隆的捷报却报共杀敌一万多人，乾隆派在云南的侍卫福灵安回去报告后，杨应琚被逮捕进京处死。
