武德九年（626）六月初四，秦王带领尉迟恭、长孙无忌等十余人入朝提前在玄武门埋伏。而太子、齐王不知情向玄武门方向进发，走到半路发现情况不对，便想要返回东宫。秦王在后面呼喊，齐王心虚便先下手为强向秦王射箭，但是都没有射中。秦王一箭将太子射死，秦王手下追击逃跑的齐王。齐王一路骑马狂奔，但被弓箭射中跌落马下，此时齐王看见李世民也从马上跌落还没有站起来，便迅速的跑过去想要杀死他，但是后来被尉迟恭用弓箭射杀。太子的部下们听到太子遭到围攻，在冯立、薛万彻的带领下前去营救太子。但是玄武门提前被秦王关闭，半天无法攻陷便转头去进攻秦王府。
秦王将已经死去的太子和齐王的首级割下，目的就是为了使进攻秦王府的这两千余人能够自动瓦解，不再负隅顽抗。当冯立、薛万彻得知太子已死，在反抗也没有任何的意义了，手下的兵士也必然作鸟兽散。
虽然太子、齐王和李世民是兄弟，如此做法有些不符合兄弟之情。但是太子和秦王之间多年的争斗早已将兄弟的情分磨尽，在争夺的权利的道路上双方早已形同路人，为了可以尽快的平息这场动乱将损失减到最小，将太子和齐王的首级斩下传给正在继续抵抗的太子部下观看。
