但在撤军之后，史思明又迅速在邺城南面驻扎，后来杀死了安庆绪而接管了整个叛军。鱼朝恩将战败的责任推到了郭子仪身上，于是唐肃宗把郭子仪召回，令李光弼接替郭子仪。之后，鱼朝恩又至少两次阻扰过皇帝重用郭子仪。
763年，安史之乱结束，紧接着西边的吐蕃见河陇地区兵力空虚而攻打大唐。程元振隐瞒军情不报，等唐代宗知道的时候只能选择逃跑。鱼朝恩救驾及时，成为唐代宗的新宠，于是鱼朝恩成为天下观军容处置宣慰使，并领神策军。当时唐代宗命李光弼领兵到陕州组织对吐蕃的反击，但是李光弼害怕鱼朝恩们会排挤陷害他，于是拖延出兵，唐代宗不得不重新启用郭子仪。?
郭子仪对吐蕃的作战是非常成功的，但是令他想不到的是，鱼朝恩竟让人把郭子仪父亲的坟墓给挖了，众人都害怕郭子仪知道后会起兵造反。但是郭子仪入朝的时候，唐代宗特意提了这件事，郭子仪并没有责怪鱼朝恩，反而认为这是天谴而非人祸，正是他自己没有好好管理军队，让百姓家的坟墓遭到了破坏，所以他才受到了这样的惩罚。
之后，鱼朝恩设宴请郭子仪吃饭，元载派人告诉郭子仪这是个鸿门宴，郭子仪的部下也想跟去保护郭子仪，但是郭子仪最终还是只带着十几个家童去赴宴，鱼朝恩看到郭子仪带了这么少的护卫很不解，就问出了口，郭子仪就把听来的话如实相告，鱼朝恩竟感动的哭了，也没再把郭子仪怎么样。?
