并且在朱元璋驾崩之际，也密令梅殷竭尽全力辅佐皇太孙朱允文。可是再后来战争爆发之后叛军的进展并不是很顺利，尤其是围困济南三个多月也没有任何进展，为了避免后路被包抄也就不得不率兵北归。而此时的黑衣宰相姚广孝却建议放弃攻打沿路城池，率领大军直捣应天府只要能够拿下南京城天下也就唾手可得。
只挡路不追击
于是乎朱棣直接采纳他的建议一路南下，避开有重兵把守的城市面对汹涌而来的叛军，朱允文也是慌了神命令梅殷率领40万大军驻扎在淮安，防止叛军偷袭南京。对于朱棣而言南京城近在眼前，如果能够让梅殷束手就擒或者是归附自己也是最好不过，这样一来天下大事可定也。
没有想到派出的使者耳朵、鼻子都被割掉，这似乎是在告诉对方想要从这里走过免不了一场大战，在无奈之下也就只有绕开淮安重新选择一条道路进军南京，诡异的是梅殷的做法表明了与朱棣是不共戴天不会同流合污，可是当叛军选择改道后并没有选择追击而是任其离开，这样做就让大家感到有些不得其解。在公元1402年6月朱棣终于攻破南京城也如愿以偿成为皇帝，可是朱允文却不知所踪至于说他的去向到现在不可知，这也是大明朝两百多年来最大的悬案。
