不过，在武周一朝，官员们一直都有一种朝不保夕的惊恐，今天还好好的，是个高级官员，说不定明天就被酷吏弄进了监狱，只要被酷吏抓住，很少能全身而退的，甚至很多人都失去了性命。狄仁杰做了不到半年的宰相也被来俊臣下了狱，好在狄仁杰够机智，与死神擦肩而过，最终只是被贬为地方官。
一直到697年，狄仁杰再次拜相，历尽坎坷一直忠心无二的狄仁杰得到了武则天的全部信任，以及敬重，这个时候的武则天开始称呼狄仁杰为国老，不让狄仁杰退休（当时的狄仁杰已经68岁，而武则天已经74岁，都已经是老人）。但却要求狄仁杰从此以后不准行跪拜礼，理由是："每次看到您跪拜，朕就感到心痛。"也不让狄仁杰晚上在宫中值班，而且吩咐所有的官员："如果不是很紧要的军国大事，尽量不要去打扰狄公。"这样的殊荣怕只有狄仁杰才能担当得起。
而狄仁杰的话，武则天也更容易听进去，即便是听后火冒三丈，到底也会放在心里掂量掂量。狄仁杰利用自己巨大的影响力，在去世前促成了时为庐陵王的李显的回归。当时武则天已经为立储一事烦闷了许久，朝中匡复李唐的官员大有人在，支持武氏一族的官员也是不少，武则天犹豫不决，似乎立谁都不是那么完美。而狄仁杰最喜欢从母子之情和身后祭祀上来开导武则天，是真正为武则天考虑的，所以武则天总是容易接受些。
后来武则天做了一个梦，狄仁杰就给武则天解梦，大意是武则天终归还是离不开两个儿子。这件事真假不好说，但是后面发生的事才是重点，狄仁杰劝说武则天立儿子为太子，原因是母子更为亲近，百年后还能配食太庙。武则天当时就怼了狄仁杰，说："此朕家事，卿勿预知。"当年就因为李绩的一句"此乃陛下家事"让武则天顺利做了皇后，如今，武则天拿出来不让狄仁杰干涉立储，不过狄仁杰并没有退缩，而是说："王者四海为家，天下的事哪件不是陛下的家事？陛下就是元首，而臣子就是四肢，这就如同一个整体，况且我身居宰相之位怎能不管？"
