与此同时，清朝政府也开始加强了对青海的经营。蒙古和硕特部罗卜藏丹津曾经与中央政府对抗多年，雍正初年，罗布藏丹津逃往伊犁河谷，清政府完全控制了青海，开始了对青海的直接管辖。
准格尔部在与清政府争夺蒙古各部的同时，也试图控制西藏，葛尔丹之子策妄阿拉布坦曾经率兵占领了拉萨，控制了西藏。但是在两年后就被清军打跑了。到雍正时期，开始在西藏设立驻藏大臣。到了清朝乾隆皇帝的时候，乾隆两次派兵打败廓尔喀(今尼泊尔)的侵犯，制定《钦定西藏章程》。规定：设驻藏大臣督办藏内事务;在西藏驻军，分驻前藏、后藏;达赖喇嘛、班禅额尔德尼等圆寂后，在驻藏大臣亲监下，灵童转世设立金奔巴瓶制，用金奔巴瓶掣签决定继承人，这就是著名的金瓶掣签制度。清朝开始了对西藏的有效管辖。
清乾隆十五年，准格尔部上层为了争权夺利出现分裂。乾隆皇帝则是利用这一机会发动了对准格尔部的战争，乾隆二十一年（1756年）清军占领了伊犁，北疆被完全纳入到清朝的版图之中。乾隆二十四年（1759年）清军攻占喀什噶尔，南疆也大体被完全地纳入到清朝的版图之中。至此，清朝的版图大体定型。
我最后再次说明，喜欢清王朝与否是一回事，承认今天的疆域主要是由清王朝奠定的是另外一回事！
