卢植当平民这段时间，致力于栽培学生，他的学生中刘备，公孙瓒等人，都非常优秀，因而卢植得到了当地百姓的赞赏。后来朝廷屡次邀请他入朝，卢植才同意，只不过他选择的职务是掌管典籍的小官，没什么实权。后来蛮夷叛乱，朝廷无人可用，于是派遣卢植前去平叛，并且任命他为九江和庐江两地太守。卢植的确有能力，他担任太守期间，不仅平定了叛乱，还将当地治理的井井有条，提出了不少好的建议，卢植也深得当地百姓的拥护。
公元184年，黄巾起义爆发，卢植再次临危受命，当时黄巾军被卢植困在了广宗县城内。卢植准备挖沟渠来攻城，这时候卢植因为不肯行贿小黄门左丰，得罪了他。左丰回朝后栽赃卢植，汉灵帝不知实情将卢植关进监狱，让皇甫嵩取代卢植，继续镇压黄巾军。皇甫嵩平叛后，替卢植解释，卢植这才被无罪释放。
汉末董卓霍乱朝廷，当时大臣们都不敢出声，唯恐董卓要杀了自己。这时候卢植冒死进谏，气的董卓想要杀他泄愤。卢植在天下声望很高，董卓如果杀了他，恐怕天下的人都不会善罢甘休的。于是董卓只能罢免卢植，再派刺客去刺杀他。卢植早就知道董卓的心思，偷溜出来，选择在上谷军都山避世，再不问世事。公元192年，卢植离开了人世，享年53岁。
