虽说，朱棣碍于"无嫡立长"的祖制不得不将朱高炽作为继承人，但是，他心目中皇储的人选却另有其人。除了朱高炽外，朱棣还有几个英武霸气的儿子。尤其是二世子朱高煦，在朱棣举兵南下，和皇帝侄子争夺天下时，二世子统领前军，一路势如破竹，立下汗马功劳。在锁定胜局后，朱棣曾亲口对朱高煦说道："你大哥身体欠佳，你继续努力。"
虽然，朱高炽儒雅随和，但是，他绝不是任人欺压的窝囊废。父亲挥师南下之际，将燕京的防务全权委托给朱高炽。此时，朱高炽不顾自己臃肿多病的身体，毅然决然地带领城中的老弱将士登上城楼，冒着蝗虫般的飞矢指挥士兵退敌。最终，朱允炆派来的南征军始终未能攻陷京城，无功而返。
要知道，此时驻守在燕京城内的均为弱兵，且人数仅有几万，朱高炽带领他们击败了五十万南军，接触了朱棣的后顾之忧。这场保卫战对于整个靖难战役来说意义非凡，也是朱高炽军事生涯中最浓墨重彩的一笔。在守城过程中，朱允炆给朱高炽写了封信，他希望朱高炽归顺朝廷，并许以高官厚禄。朱高炽连信都没拆，直接将信送到父亲手中，化解了朱允炆的反间计。
永乐十六年，朱棣御驾亲征，留朱高炽在南京打理政务。虽说朱棣让儿子监国，但是，他对朱高炽的偏见一如既往，朱棣认为：自己离京期间朱高炽有异心，便命令礼部侍郎监督朱高炽，并且，说道："人言东宫多失德，汝至京师，可多留数日，试观何如，密奏来！奏字须大，晚至即欲观也。"
