但是当明朝灭亡以后，西北边陲便成了三不管地带了，由蒙古人开发经营的几个汗国迅速坐大，其中最有名的就是准噶尔汗国，曾经一度吞并喀尔喀蒙古（就是宝日龙梅那个喀尔喀），形成可以和清朝抗衡的局面。经过康雍乾三代，耗尽大清多年赋税，才将准噶尔汗国彻底剿灭。
但至此，蒙古就开始彻底走下坡路了。随着乾隆年间，土尔扈特从俄罗斯回迁大清。蒙古人基本上就没有作为独立政治力量再出现过在战争舞台上了，而大草原上的蒙古王公们，则是守着自己的羊群和奴隶，无所作为。
从满清入关以后，皇帝的后宫里蒙古人就成了摆设。除了博尔济吉特氏，已经几乎被同化为满洲贵族外，象征性娶进宫的蒙古女人也都不是因为联姻。
有能力的宗亲们则承袭个爵位替满清的主子们打工。这就是"满蒙联姻"的本质。
