后来，王辅臣被清廷从云南调到平凉担任提督，吴三桂一路送了他很久。吴三桂并给了王辅臣2万两白银作为路费，王辅臣很是感动，王辅臣首先去到了京城见康熙帝，康熙帝把一支先帝传下来的豹尾枪作为礼物送给了王辅臣，以表示清廷对王辅臣的信任和重视，王辅臣也被康熙帝感动了，他眼含眼泪的离开京城而去往平凉地区，王辅臣就任平凉提督之后，他真正的成为坐镇一方的大将了，公元1673年，吴三桂因不满康熙帝的削藩政策而在云南起兵反清，吴三桂派人给王辅臣送了密信，但王辅臣将来人和密信都送交给了康熙帝，以表示自己对清廷的忠心，康熙帝对于王辅臣的忠心之举很是高兴，并继续重用他，第二年，因马匹和粮饷分配不公的问题，王辅臣的手下发动了对满人叛乱，并射死了满人的统领。
王辅臣转而投靠吴三桂而反清，并率兵占据了陕甘要冲之地平凉，并以平凉为自己的根据地而控制宁夏地区，公元1676年，康熙帝派出了抚远大将军图海去平定王辅臣的叛乱，图海先施以攻心之计，这让平凉地区的人心动摇，然后，清军以大炮轮番轰炸平凉城，没多久，平凉城就弹尽粮绝，军心涣散，图海反复陈说康熙帝将对王辅臣既往不咎的政策，王辅臣又再次投降清朝，之后，康熙帝派遣王辅臣和图海一起镇守汉中要地，公元1681年，王辅臣因以前犯下了背叛清廷的重罪，他内心很是担心清廷会杀他，因而，王辅臣在家中自己喝毒酒身亡了！一代名将自此陨落。
