而万历对于这位早年时候倍感尊敬的太岳先生的印象也模糊起来，后代史学家认为万历励精图治的几年恰好是万历对张居正最信任的几年。在张去世四年后，万历逐渐''纵饮作乐''，中后期不再上朝。可以说，万历后期对朝廷的对抗，很大程度是张居正''教育失败''的结果。就是可怜太岳先生多年的心血随之付诸东流。然后自然少不了神宗朱翊钧，为了摆脱张先生的阴影，不惜自毁长城，全盘推翻。既不顾念张居正推行的万历新政，政绩卓越，劳苦功高，也不念惜张居正于他的恩师情意，一心想把头上的紧箍去掉，结果就是把张居正的门生故吏一一罢黜，把张居正的家人逼得家破人亡……
但是这么多因素中也有张居正自己的原因。王世贞、冯保等都提醒过他，他自己其实也是知道后果的，帝王寡恩，他心里也是清楚的。可能他自己也没想到的就是他身体太差了，还没准备好接班人就去世了，结果没想到张四维领头清算他。就像诸葛亮一样，鞠躬尽瘁死而后已，却没想过如何从根本上解决这些制度上的矛盾，不说获取神宗的支持，至少获取其他官员的认可。
而且他本身行为也是不端。要求皇帝勤俭节约，不要骄奢淫逸，自己却妻妾成群，奢华享乐。这种反差就像是苹果对夏娃的诱惑，越禁止越好奇和渴望。归根结底，他和自私自利的其他官员，和任性的神宗一样，都是''我死后哪管他洪水滔天''的人。如果能重来，可能他还是会选择走同样的路吧。张居正的改革措施对明朝确实起到了可以是说''起死回生''的作用，这是他得以让众人敬仰和佩服的地方。
