自南宋之后，雷峰夕照杭州一个非常重要的名胜，但是雷峰塔却在明朝遭遇了毁灭性打击。明朝建立之后，东南沿海地区经常遭受倭寇的入侵，嘉靖年间倭寇登陆包围了杭州城，并一把火烧掉了雷峰塔！这座名胜被烧之后木质结构基本被燃尽，只剩下烧得通红的砖。清朝时期《白蛇传》的故事广为流传，在文人墨客看来雷峰塔虽然辉煌不再，但却有着别样的残缺之美。康熙、乾隆皇帝南巡时，也都前往雷峰塔参观游览。
清朝末年满清政权风雨飘摇，1912年清朝灭亡，中国已经快要亡国灭种了，自然无人顾及雷峰塔。1924年第二次直奉战争爆发，冯玉祥将末代皇帝溥仪赶出了紫禁城，这就是在这一年年久失修的雷峰塔轰然倒塌。雷峰塔的倒下并非天灾，而是结结实实的人祸，原来清朝末年面见盛传雷峰塔的砖有辟邪的作用，老百姓纷纷前去盗挖塔砖，雷峰塔千疮百孔，最终倒塌也是意料之中的事情。当鲁迅先生听了这件事后也非常感慨，写下了《论雷峰塔的倒掉》一文。
1999年浙江省政府决定重建雷峰塔，在对雷峰塔遗址挖掘时出土了不少宋朝时期的重要文物。2002年雷峰塔重建完成，浙江省代省长为新塔揭匾。
