但是蒙古族与清朝的关系却又大不相同，他们大多数选择与满族人联姻，又或者在其武力手段下臣服。
为了方便管理，清王朝将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古。其中因为内蒙古归顺清朝的时间比较早，族内很多族民多数与清朝联姻，于是内蒙古成为了现如今自治区的主导体。而外蒙古则不相同，他们大多数都是被动选择投降，在武力威胁下归顺朝廷，于是内心多少都会有些不满。
蒙古帝国，选择独立
16世纪开始，沙俄开始与外蒙古来往，雍正五年中俄签订《布连斯奇界约》和《恰克图界约》而这也表明了外蒙古是属于清朝的管辖区域。
