后来李唐夺得了天下，秦琼等人都立下了战功，得到了封赏。等到李世民上位后，专门修建了凌烟阁。对那些为李唐征战的功臣，进行了排名。根据史料的记载，秦琼在这里面的排名，是最后的那位。这份排名里，有很多的人大家都不知道。可为什么他们就能排在秦琼的前面，有些还不如秦琼厉害。
很多的人没有什么过人的战绩，比战功也比不过秦琼。而且程咬金还排在秦琼的前面，在小说里的程咬金，就会招式简单的板斧。在正史里面，他也是个猛将，但是比起秦琼来说，两人还是差不多的。为何他的排名，就能在秦琼的上面。到底是什么原因，让李世民这么不待见秦琼呢，让他的排名是最后的。
主要的原因就是，秦琼并不是李世民的心腹将领。他忠于的大唐，而不是李世民个人。而且李世民的这个位子，也是抢来的，杀掉了自己的兄长。在这件事里，秦琼并没有参与。所以李世民上台后，那些参与政变的人，都是他的心腹，得到了重赏。而那些没有参与的人，自然就不会被看重了。
